De acuerdo con el informe oficial, los hallazgos de la Contraloría General de la República en los Fondos Parafiscales se han centrado principalmente en deficiencias en la calidad de la información rendida al ente de control, recaudo de la cuota de fomento, inversión de los recursos parafiscales y articulación de los sectores público y privado en temas de desarrollo tecnológico e innovación.

Este requerimiento de la Contraloría General de la República se hizo en desarrollo del Foro que reunió a expertos expositores y panelistas del gobierno nacional y de los gremios que administran los Fondos Parafiscales Agropecuarios, a los 30 años de expedición de la Ley 101 de 1993, con el fin de reflexionar sobre los logros y retos del futuro de la inversión de estos recursos en el mejoramiento de la productividad, la competitividad y el bienestar en el campo colombiano.

Indica la publicación del ente de control que la parafiscalidad en el sector agropecuario se ha consolidado como una de las políticas sectoriales de mayor dinamismo en el desarrollo rural, la cual se concretó con la expedición de la Ley 101 de 1993 (Ley General de Desarrollo Agropecuario y Pesquero), en la que se establecieron las condiciones de funcionamiento de los Fondos.

Se busca con la parafiscalidad dar solución a las necesidades de los productores en el desarrollo de sus actividades, las cuales no han sido debidamente atendidas por la institucionalidad del sector en aspectos fundamentales como la investigación y la innovación tecnológica, la asistencia técnica, la capacitación, la sanidad agropecuaria y la calidad e inocuidad de los productos para su comercialización y exportación.